呼伦贝尔市以境内呼伦湖和贝尔湖得名。主要有嫩江水系和额尔古纳河水系。重要的河流有阿伦河、雅鲁河、绰尔河、音河、激流河、得尔布干河、根河、海拉尔河、哈拉哈河、克鲁伦河、乌尔逊河、呼伦湖、贝尔湖、中蒙界湖。水库主要有红花尔基水库和莫旗水库。垂钓资源在呼伦湖和2个水库。